נולד בשנת ה'תנ"ו בפינטשוב (פולין). מילדותו ניכר בכישרונותיו המיוחדים, בזיכרון מופלא, בפיקחותו ובשקידתו על לימוד התורה. בגיל 11 לערך התייתם מאמו, עבר להתגורר בעיר אייבשיץ [כיום איוונצ'יצה] (צ'כיה) בעקבות מינוי אביו לרב הקהילה היהודית ומאז הוענק לו הכינוי ושם המשפחה 'אייבשיץ'. למד בישיבה שייסד אביו אולם כעבור שנה נפטר לפתע אביו, הישיבה נסגרה ופרנסי הקהילה שלחו אותו ללמוד בישיבת ר' מאיר אייזנשטאט (בעל "פנים מאירות") בעיר פרוסטיץ (צ'כיה). במהלך נסיעתו יחד עם מורו (ר' מאיר אייזנשטאט) לעיר שידלאווצי (פולין) הגיע לווינה (אוסטריה) ור' שמשון ורטהיימר הציע לו לשאת את בתו לאישה אולם היות והשידוך לא יצא לפועל נסע לעיר הלישוי ולמד בישיבת דודו – ר' אליעזר סגל [הלוי] אטינגר.
בשנת ה'ת"ע נשא לאישה בעיר פראג את בתו של ר' משה יצחק שפירא [אב"ד בומסלא], עבר להתגורר בעיר בומסלא (צ'כיה) נסמך על שולחן חותנו ומונה על-ידו לראש הישיבה. בשנת ה'תע"ג עבר עם זוגתו וילדיו להתגורר בבית הסבא של אשתו (ר' מרדכי כהן) בעיר המבורג (גרמניה) ושקד על לימוד התורה. בסוף שנת ה'תע"ד עבר לפראג (צ'כיה), מונה על-ידי הקהילה לשמש כדרשן ודרשותיו משכו קהל רב. כאשר ראש ישיבת פראג (ר' אברהם פוסילבורג) הבחין בגאונותו, וויתר על משרתו ויעץ לראשי הקהילה למנותו במקומו לראש הישיבה. היות והשלטון האוסטרי אסר הדפסת או הבאת ש"ס ממדינות אחרות נאלץ ללמד בעל פה אך לאחר שערך ויכוחים עם כמרים והוכיח את אמיתות דברי הש"ס הורשה על-ידי השלטון האוסטרי להדפיס את הש"ס. בשנת ה'תצ"ז מונה גם לאב בית הדין בפראג ולאחר שחותנו (ר' משה יצחק שפירא) מונה מטעם השלטון לרב המדינה, מילא את מקומו כרב העיר פראג. השיב לשאלות שהופנו אליו על-ידי חכמי הדור הן בתורת הנגלה והן בתורת הנסתר, כתב קמעות לנזקקים והתפרסם גם בין הגויים בפיקחותו ובגאונותו. כמרים, בישופים, אנשי השלטון ואף הקיסר האוסטרי אהבו לשוחח ולהתווכח עמו בענייני אמונה ותמיד הוכיח את צדקתו, הצליח להגן על היהודים ולבטל מעליהם גזירות.
בשנת ה'ת"ק הוזמן לכהן כרב ואב בית הדין בקהילת מץ (צרפת) אולם בעקבות פריצת המלחמה בין פרוסיה והצרפתים נגד מלכת אוסטריה נשאר לסייע לתושבי פראג הנתונים במצור. לאחר שנאסר עם ראשי הקהל ושוחרר תמורת תשלום כופר עצום שלחו לו ראשי קהילת מץ כתב הגנה חתום על-ידי מפקד החיל של צרפת המאפשר לו לנוע בדרכים ללא חשש. יחד עם בני משפחתו ואחדים מתלמידיו עבר להתגורר במץ וייסד ישיבה אליה נהרו מאות תלמידים. האוסטרים האשימו אותו בבגידה והחרימו את רכושו שנשאר בפראג ובשנת ה'תק"ה שלח מכתבים לערים שונות בבקשה לסייע ליהודי פראג שמלכת אוסטריה גזרה עליהם גירוש בעקבות הלשנה כי היהודים סייעו לצרפתים בשנות המלחמה. במכתב אל קהילת רומא הציע שיפילו תחינתם לפני האפיפיור שישתדל לבטל את הגזירה ולאחר זמן מה יהודי פראג הורשו לשוב לעיר מגורם. נפגש עם בישוף העיר מץ שגזר לגרש את כל יהודי העיר ולאחר שהצליח על פי בקשת הבישוף לכתוב תוך שעה על גבי קלף בגודל מזוזה את המשפט 'עם ישראל חי לעולמי עד' 45,760 פעמים כמניין יהודי מץ גזירת הגירוש בוטלה.
לאחר פטירת ר' יחזקאל קצנלבוגן נבחר למלא את מקומו כאב בית דין אה קהילות]: אלטונא, המבורג ונדסבק. בסוף שנת ה'תק"י עבר להתגורר באלטונא וייסד ישיבה אליה נהרו מאות תלמידים. יומם ולילה מסר שיעורי תורה, מיעט בשינה וכאשר התעייף נמנם מעט על סטנדר או על ספסל וכעבור זמן קצר התעורר והמשיך בלימוד. כל לילה ערך 'תיקון חצות' וכל ליל שישי נשאר ער עם תלמידיו ובמשך כל הלילה שקדו על לימוד התורה. ידע בעל פה את כל ששה סדרי משנה, היה בקי בספר הזוהר ובכתבי האריז"ל, גם כאשר אכל הרהר בדברי תורה וכתב 98 ספרים. התפלל באריכות גדולה עם כוונות האר"י, רוב משכורתו העניק ללומדי תורה, סייע לעניים ורכש חפצי מצווה בסכומים גדולים. אכל ירקות רק לאחר שבדק בעצמו ובשר שניקר בעצמו. תיקן תקנות שונות על מנת לחזק את מצבם הרוחני והחומרי של תושבי אה"ו, כגון: שתלמיד חכם יעסוק במסחר רק לאחר 5 שנים של לימוד בהן יהיה נסמך על שולחן חותנו, שבערב ראש השנה וערב יום כפור הגברים והנשים לא ילכו יחד להתפלל בבית הקברות אלא הנשים תלכנה יום אחד לפני הגברים, הזהיר לומר 'תיקון חצות' ולהדר במצוות ציצית, ללמוד הלכות שבת, להתפלל בכוונה ולא לשוחח בדברים בטלים בבית הכנסת ובבית המדרש.
לבקשת אחד מנכבדי הקהילה כתב קמיע לבתו היולדת ומאז נעצרה המגיפה שפרצה בחודש תמוז ה'תק"ט בעיר והפילה חללים ובפרט יולדות. לאחר שר' יעקב ישראל עמדן [יעב"ץ] כתב אודות הקמיע לבעל אחותו (ר' אריה ליב) מאמסטרדם, לר' יעקב יהושע (בעל "פני יהושע") מפראנקפורט דמיין, לר' שמואל הלמן [הרב במץ אשר מילא את מקום ר' יהונתן] ולר' נחמיה ריישער החלה מחלוקת גדולה נגדו וכולם הסכימו כי אינו ראוי להמשיך בכהונתו כרב. מחרחרי ריב ומחלוקת הפיצו שמועות נגדו ולמרות הביזיונות שנגרמו לו הבליג ושתק אך כאשר העידו נגדו לפני בית דין עדות שקר כי חילל את השבת פתח את ארון הקודש בערב ראש חודש וזעק כי עלילה שפלה נאמרה עליו והקב"ה יעניש את האיש שדיבר שקר נגדו שיהיה נע ונד בארץ כל ימיו [25 שנה לאחר פטירתו טיפל ר' גבריאל אייבשיץ – נכדו, בחולה שסיפר כי הוא שהעיד שקר ומאז אינו יכול לשהות אפילו יום אחד באותו מקום. לאחר שביקש מחילה בנוכחות מניין שהתאסף סביב קברו של ר' יהונתן אייבשיץ, נפטר]. קיסר דנמרק מאוד התפעל מפיקחותו ואישיותו וכאות הערכה העניק לו תואר 'ברון אייבשיץ' אולם רק כעבור שנים אחדות כאשר ערך סעודת הודיה על שניצל מניסיון התנקשות בחייו ע"י החולקים עליו גילה על כך לבני ביתו, לנגד עיניהם שרף את התעודה ולהשתוממותם אמר 'כמו שכלה הנייר כך כלים חיי האדם וכבודו המדומה'. בשנת ה'תקי"ט כתב מכתב ארוך אל השלטון ובו הוכיח כי עלילת הדם שהפיצו נועדה רק לגרום פרעות ובשנת ה'תקכ"א כתב חרם על הכת המשיחית.
בשנת ה'תקכ"ג חלה ונדר כי אם יזכה לקום מחוליו יוציא לאור אחד מספריו לזיכוי הרבים, לאחר שהבריא הדפיס את ספרו "כרתי ופלתי"
על פי המסופר ההגמון של העיר מץ גזר גירוש על יהודי העיר מץ, רבי יהונתן שהיה מקורב אליו אמר לו: "דע לך שעם ישראל חי לעולמי עד ולא תוכל להם על ידי גזירותיך". אמר לו ההגמון: "אני מתכוון בעוד שעה להוציא את הגזירה לפועל, והיות ששמעתי עליך שאתה כותב קמיעות, אסכים לבטל את הגזירה בתנאי שבעוד שעה תבוא אלי עם קמיע בגודל מזוזה שעליו תכתוב את המשפט הזה שאמרת 'עם ישראל חי לעולמי עד' 45,760 פעמים כמניין יהודי העיר הזאת".
רבי יהונתן אייבשיץ שב כעבור שעה עם טבלה שעליה כתובה האות ע באמצעה ומשם מקיפות אותה האותיות של המשפט, הוא אמר לו שאם יקרא מן ה־ע' שבאמצע לכל צד יוכל לראות את המשפט בדיוק 45,760 פעמים. אך היות והבדיקה בודאי תארך זמן רב יצטרך ההגמון לעכב את גזירת הגירוש, ואכן כך היה.
